據外媒《華爾街日報》報道，蘋果發言人周三證實，新iPhone 5s將不會保存用戶的指紋影像。這在某種程度上消除了市場對用戶隱私的擔心。取而代之的，Touch ID將只保存“指紋數據”，即經過iPhone處理器加密的數據信息。iPhone將使用數字簽名進行解鎖和認證iTunes或App Store上的消費。

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在實際操作中，即使黑客侵入了iPhone的加密芯片，他們也不能夠對用戶指紋數據進行反向工程。

蘋果為最新旗艦iPhone加入指紋讀取傳感器，這造成市場對生物信息等敏感數據保存于電子設備的擔憂。指紋技術并非新的概念，但對大多數用戶而言，這仍然是相對陌生的。

蘋果已表示暫時不對第三方應用開放指紋傳感器。在周三的采訪中，蘋果發言人指出，公司已為新iPhone加入了其它的安全機制——如使用Touch ID指紋系統的用戶也必須創建一個密碼作為備用選項。若手機被重啟，或48小時內從未被解鎖，該密碼則將成為解鎖iPhone的唯一途徑。蘋果此舉措旨在防止黑客刻意拖延時間，以找到方法繞過指紋認證來解鎖手機。

蘋果強調Touch ID是對常被用于筆記本電腦上的指紋傳感器的一次重大改進。不過公司發言人也提醒到，不要把該功能想得過于完美。

據測試人員反饋，Touch ID在某些時候并不能很好的工作，如手指上存有汗液、油脂，使得濕度過高時。

對于那些手指上有傷痕的人，Touch ID的表現也會不好。不過通常情況下，用戶只要換根手指也能保證Touch ID的正常使用。