AMD六核皓龍助華大基因支持頂級基因研究
華大基因成立于1999年9月9日,其基因的測序能力及基因組分析能力處于***地位。在多年的發展中,華大基因建設了一支具有世界***水平的、年輕的產學研隊伍,開展了廣泛的國際國內科技合作與交流,開創了科學、技術、產業相互推動的發展模式,在基因組科學和產業發展領域再現了深圳速度和深圳奇跡。
高性能計算集群(HPCC)是基因研究工作的重要工具,基因的測序、數據處理、比對分析和結果提取等,都要在HPCC上進行。為了確保基因研究工作能夠高效進行,華大基因對HPCC系統的建設,以及其中核心部件處理器的篩選,都非常重視。
就在最近,隨著研究項目的增多,華大基因之前建設的HPCC平臺開始逐漸顯得有些力不從“芯”,為此華大基因又把目光投向了***一代的多核處理器,計劃篩選最“強悍實用”的多核處理器來升級HPCC系統。
華大基因對市場上的新一代多核處理器進行了全面的對比分析,更結合實際工作進行了深入的測試。最終,華大基因決定全面引入基于AMD六核“伊斯坦布爾”處理器的戴爾刀片服務器,升級其HPCC系統。
華大基因采用68片戴爾M605刀片服務器和5個M1000e刀片服務器機箱實施升級,刀片服務器配置為:AMD六核皓龍2435處理器(代號“伊斯坦布爾”,2.6GHz);16GB內存(8×2GB);一塊146GB的SATA硬盤。刀片服務器全部被插裝在M1000e機箱內,機箱均通過萬兆線纜與萬兆交換機相連,從而構成一個刀片式的萬兆高性能并行計算網絡系統。該HPCC系統的管理節點是一臺機架式服務器,后端存儲則采用的是Panasas設備。
華大基因高性能計算主任方林表示:“我們以為AMD‘伊斯坦布爾’處理器是目前性價比***的多核處理器。在性能上比前代產品至少提升20%,同時還有價格優勢。我們在大量引入AMD新一代六核處理器后,計算能力大概提升了兩倍。這有力地推動了研究項目的開展,包括熊貓基因序列研究、中丹合作的糖尿病基因研究,中美英合作的千人基因組研究和人體腸道元基因組研究等在內的多個重大項目的進程,都有了不同幅度的加快,很多項目都將早出成果、多出成果。”
如今華大基因的HPCC平臺每天要產出大概10個T左右的數據,這個數據是非常驚人的,因為很多大型企業一年的業務數據都沒有10個T。在如此繁重的計算任務面前,基于伊斯坦布爾處理器的戴爾M605刀片服務器以穩定、高效和可靠的性能,實現了無故障運行。