Python 性能分析入門指南
雖然并非你編寫的每個 Python 程序都要求一個嚴格的性能分析，但是讓人放心的是，當問題發(fā)生的時候，Python 生態(tài)圈有各種各樣的工具可以處理這類問題。
分析程序的性能可以歸結為回答四個基本問題：
- 正運行的多快
- 速度瓶頸在哪里
- 內存使用率是多少
- 內存泄露在哪里
下面，我們將用一些神奇的工具深入到這些問題的答案中去。
用 time 粗粒度的計算時間
讓我們開始通過使用一個快速和粗暴的方法計算我們的代碼:傳統(tǒng)的 unix time 工具。
- $ time python yourprogram.py
- real 0m1.028s
- user 0m0.001s
- sys 0m0.003s
三個輸出測量值之間的詳細意義在這里 stackoverflow article，但簡介在這：
- real -- 指的是實際耗時
- user -- 指的是內核之外的 CPU 耗時
- sys -- 指的是花費在內核特定函數(shù)的 CPU 耗時
你會有你的應用程序用完了多少 CPU 周期的即視感，不管系統(tǒng)上其他運行的程序添加的系統(tǒng)和用戶時間。
如果 sys 和 user 時間之和小于 real 時間，然后你可以猜測到大多數(shù)程序的性能問題最有可能與 IO wait 相關。
用 timing context 管理器細粒度的計算時間
我們下一步的技術包括直接嵌入代碼來獲取細粒度的計時信息。下面是我進行時間測量的代碼的一個小片段
timer.py
- import time
- class Timer(object):
- def __init__(self, verbose=False):
- self.verbose = verbose
- def __enter__(self):
- self.start = time.time()
- return self
- def __exit__(self, *args):
- self.end = time.time()
- self.secs = self.end - self.start
- self.msecs = self.secs * 1000 # millisecs
- if self.verbose:
- print 'elapsed time: %f ms' % self.msecs
為了使用它，使用 Python 的 with 關鍵字和 Timer 上下文管理器來包裝你想計算的代碼。當您的代碼塊開始執(zhí)行，它將照顧啟動計時器,當你的代碼塊結束的時候，它將停止計時器。
這個代碼片段示例：
- from timer import Timer
- from redis import Redis
- rdb = Redis()
- with Timer() as t:
- rdb.lpush("foo", "bar")
- print "=> elasped lpush: %s s" % t.secs
- with Timer() as t:
- rdb.lpop("foo")
- print "=> elasped lpop: %s s" % t.secs
為了看看我的程序的性能隨著時間的演化的趨勢，我常常記錄這些定時器的輸出到一個文件中。
使用 profiler 逐行計時和分析執(zhí)行的頻率
羅伯特·克恩有一個不錯的項目稱為 line_profiler , 我經(jīng)常使用它來分析我的腳本有多快，以及每行代碼執(zhí)行的頻率：
為了使用它，你可以通過使用 pip 來安裝它：
- pip install line_profiler
安裝完成后，你將獲得一個新模塊稱為 line_profiler 和 kernprof.py 可執(zhí)行腳本。
為了使用這個工具，首先在你想測量的函數(shù)上設置 @profile 修飾符。不用擔心，為了這個修飾符，你不需要引入任何東西。kernprof.py 腳本會在運行時自動注入你的腳本。
primes.py
- @profile
- def primes(n):
- if n==2:
- return [2]
- elif n<2:
- return []
- s=range(3,n+1,2)
- mroot = n ** 0.5
- half=(n+1)/2-1
- i=0
- m=3
- while m <= mroot:
- if s[i]:
- j=(m*m-3)/2
- s[j]=0
- while j<half:
- s[j]=0
- j+=m
- i=i+1
- m=2*i+3
- return [2]+[x for x in s if x]
- primes(100)
一旦你得到了你的設置了修飾符 @profile 的代碼，使用 kernprof.py 運行這個腳本。
- kernprof.py -l -v fib.py
-l 選項告訴 kernprof 把修飾符 @profile 注入你的腳本，-v 選項告訴 kernprof 一旦你的腳本完成后，展示計時信息。這是一個以上腳本的類似輸出：
- Wrote profile results to primes.py.lprof
- Timer unit: 1e-06 s
- File: primes.py
- Function: primes at line 2
- Total time: 0.00019 s
- Line # Hits Time Per Hit % Time Line Contents
- ==============================================================
- 2 @profile
- 3 def primes(n):
- 4 1 2 2.0 1.1 if n==2:
- 5 return [2]
- 6 1 1 1.0 0.5 elif n<2:
- 7 return []
- 8 1 4 4.0 2.1 s=range(3,n+1,2)
- 9 1 10 10.0 5.3 mroot = n ** 0.5
- 10 1 2 2.0 1.1 half=(n+1)/2-1
- 11 1 1 1.0 0.5 i=0
- 12 1 1 1.0 0.5 m=3
- 13 5 7 1.4 3.7 while m <= mroot:
- 14 4 4 1.0 2.1 if s[i]:
- 15 3 4 1.3 2.1 j=(m*m-3)/2
- 16 3 4 1.3 2.1 s[j]=0
- 17 31 31 1.0 16.3 while j<half:
- 18 28 28 1.0 14.7 s[j]=0
- 19 28 29 1.0 15.3 j+=m
- 20 4 4 1.0 2.1 i=i+1
- 21 4 4 1.0 2.1 m=2*i+3
- 22 50 54 1.1 28.4 return [2]+[x for x
尋找 hits 值比較高的行或是一個高時間間隔。這些地方有最大的優(yōu)化改進空間。
它使用了多少內存？
現(xiàn)在我們掌握了很好我們代碼的計時信息，讓我們繼續(xù)找出我們的程序使用了多少內存。我們真是非常幸運， Fabian Pedregosa 仿照 Robert Kern 的 line_profiler 實現(xiàn)了一個很好的內存分析器 [memory profiler][5]。
首先通過 pip 安裝它：
- $ pip install -U memory_profiler
- $ pip install psutil
在這里建議安裝 psutil 是因為該包能提升 memory_profiler 的性能。
想 line_profiler 一樣， memory_profiler 要求在你設置 @profile 來修飾你的函數(shù)：
- @profile
- def primes(n):
- ...
- ...
運行如下命令來顯示你的函數(shù)使用了多少內存：
- $ python -m memory_profiler primes.py
一旦你的程序退出，你應該可以看到這樣的輸出：
- Filename: primes.py
- Line # Mem usage Increment Line Contents
- ==============================================
- 2 @profile
- 3 7.9219 MB 0.0000 MB def primes(n):
- 4 7.9219 MB 0.0000 MB if n==2:
- 5 return [2]
- 6 7.9219 MB 0.0000 MB elif n<2:
- 7 return []
- 8 7.9219 MB 0.0000 MB s=range(3,n+1,2)
- 9 7.9258 MB 0.0039 MB mroot = n ** 0.5
- 10 7.9258 MB 0.0000 MB half=(n+1)/2-1
- 11 7.9258 MB 0.0000 MB i=0
- 12 7.9258 MB 0.0000 MB m=3
- 13 7.9297 MB 0.0039 MB while m <= mroot:
- 14 7.9297 MB 0.0000 MB if s[i]:
- 15 7.9297 MB 0.0000 MB j=(m*m-3)/2
- 16 7.9258 MB -0.0039 MB s[j]=0
- 17 7.9297 MB 0.0039 MB while j<half:
- 18 7.9297 MB 0.0000 MB s[j]=0
- 19 7.9297 MB 0.0000 MB j+=m
- 20 7.9297 MB 0.0000 MB i=i+1
- 21 7.9297 MB 0.0000 MB m=2*i+3
- 22 7.9297 MB 0.0000 MB return [2]+[x for x in s if x]
line_profiler 和 memory_profiler 的 IPython 快捷命令
line_profiler 和 memory_profiler 一個鮮為人知的特性就是在 IPython 上都有快捷命令。你所能做的就是在 IPython 上鍵入以下命令：
- %load_ext memory_profiler
- %load_ext line_profiler
這樣做了以后，你就可以使用魔法命令 %lprun 和 %mprun 了，它們表現(xiàn)的像它們命令行的副本，最主要的不同就是你不需要給你需要分析的函數(shù)設置 @profile 修飾符。直接在你的 IPython 會話上繼續(xù)分析吧。
- In [1]: from primes import primes
- In [2]: %mprun -f primes primes(1000)
- In [3]: %lprun -f primes primes(1000)
這可以節(jié)省你大量的時間和精力,因為使用這些分析命令，你不需要修改你的源代碼。
#p#
哪里內存溢出了？
cPython的解釋器使用引用計數(shù)來作為它跟蹤內存的主要方法。這意味著每個對象持有一個計數(shù)器，當增加某個對象的引用存儲的時候，計數(shù)器就會增加，當一個引用被刪除的時候，計數(shù)器就是減少。當計數(shù)器達到0， cPython 解釋器就知道該對象不再使用，因此解釋器將刪除這個對象，并且釋放該對象持有的內存。
內存泄漏往往發(fā)生在即使該對象不再使用的時候，你的程序還持有對該對象的引用。
最快速發(fā)現(xiàn)內存泄漏的方式就是使用一個由 Marius Gedminas 編寫的非常好的稱為 [objgraph][6] 的工具。
這個工具可以讓你看到在內存中對象的數(shù)量,也定位在代碼中所有不同的地方,對這些對象的引用。
開始，我們首先安裝 objgraph
- pip install objgraph
一旦你安裝了這個工具，在你的代碼中插入一個調用調試器的聲明。
- import pdb; pdb.set_trace()
哪個對象最常見
在運行時,你可以檢查在運行在你的程序中的前20名最普遍的對象
- pdb) import objgraph
- (pdb) objgraph.show_most_common_types()
- MyBigFatObject 20000
- tuple 16938
- function 4310
- dict 2790
- wrapper_descriptor 1181
- builtin_function_or_method 934
- weakref 764
- list 634
- method_descriptor 507
- getset_descriptor 451
- type 439
哪個對象被增加或是刪除了？
我們能在兩個時間點之間看到哪些對象被增加或是刪除了。
- (pdb) import objgraph
- (pdb) objgraph.show_growth()
- .
- .
- .
- (pdb) objgraph.show_growth() # this only shows objects that has been added or deleted since last show_growth() call
- traceback 4 +2
- KeyboardInterrupt 1 +1
- frame 24 +1
- list 667 +1
- tuple 16969 +1
這個泄漏對象的引用是什么？
繼續(xù)下去，我們還可以看到任何給定對象的引用在什么地方。讓我們以下面這個簡單的程序舉個例子。
- x = [1]
- y = [x, [x], {"a":x}]
- import pdb; pdb.set_trace()
為了看到持有變量 X 的引用是什么，運行 objgraph.show_backref() 函數(shù)：
- (pdb) import objgraph
- (pdb) objgraph.show_backref([x], filename="/tmp/backrefs.png")
該命令的輸出是一個 PNG 圖片，被存儲在 /tmp/backrefs.png，它應該看起來像這樣：
盒子底部有紅色字體就是我們感興趣的對象，我們可以看到它被符號 x 引用了一次，被列表 y 引用了三次。如果 x 這個對象引起了內存泄漏，我們可以使用這種方法來追蹤它的所有引用，以便看到為什么它沒有被自動被收回。
回顧一遍，objgraph 允許我們：
- 顯示占用 Python 程序內存的前 N 個對象
- 顯示在一段時期內哪些對象被增加了，哪些對象被刪除了
- 顯示我們腳本中獲得的所有引用
Effort vs precision
在這篇文章中,我展示了如何使用一些工具來分析一個python程序的性能。通過這些工具和技術的武裝，你應該可以獲取所有要求追蹤大多數(shù)內存泄漏以及在Python程序快速識別瓶頸的信息。
和許多其他主題一樣,運行性能分析意味著要在付出和精度之間的平衡做取舍。當有疑問是，用最簡單的方案，滿足你當前的需求。
英文原文：A guide to analyzing Python performance
譯文鏈接：http://blog.segmentfault.com/yexiaobai/1190000000616798
